Η Διεύθυνση Υδάτων Ηπείρου είναι αρμόδια ιδίως για την προστασία και διαχείριση των υδάτων στην Περιφέρεια Ηπείρου και ασκεί τις αρμοδιότητες που έχουν απονεμηθεί στην Αποκεντρωμένη Διοίκηση σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία. Οφείλει να βρίσκεται σε συνεχή συνεργασία με το καθ’ ύλην αρμόδιο Υπουργείο για την καλύτερη αντιμετώπιση των προβλημάτων και των υποθέσεων αρμοδιότητάς της και να ακολουθεί τις οδηγίες του.
Η Διεύθυνση Υδάτων Ηπείρου έχει έδρα τα Ιωάννινα και συγκροτείται από τα ακόλουθα Τμήματα, τα οποία έχουν επίσης έδρα τα Ιωάννινα:
α) Τμήμα Παρακολούθησης και Προστασίας των Υδατικών Πόρων
β) Τμήμα Ανάπτυξης και Διμερών Σχέσεων
γ) Τμήμα Διοικητικής Υποστήριξης και Επικοινωνίας