Η Γενική Διεύθυνση Εσωτερικής Λειτουργίας είναι αρμόδια για τον προγραμματισμό και σχεδιασμό των δράσεων, καθώς και το συντονισμό και την παρακολούθηση της λειτουργίας όλων των οργανικών μονάδων που υπάγονται σ’ αυτή, την εξασφάλιση της εύρυθμης λειτουργίας τους και την αντιμετώπιση των προβλημάτων και των υποθέσεων αρμοδιότητάς τους.
Συγκροτείται από τις ακόλουθες οργανικές μονάδες, οι οποίες έχουν τοπική αρμοδιότητα σε όλη την Αποκεντρωμένη Διοίκηση: